Toutes les activités humaines sont interdites dans les zones de protection intégrale.
L'accès à une zone de protection intégrale est interdit à toute personne sauf cas de force majeure ou de nécessité d'exercice de la souveraineté. Toutefois, des dérogations peuvent être accordées par le représentant de l'Etat au vu d'un dossier de demande précisant notamment les raisons de la demande d'accès et les activités prévues.

Sont classées zones de protection intégrale :
A Kerguelen :
Côte ouest de la péninsule Rallier du Baty, limitée par l'arête Jérémine depuis la côte sud de Kerguelen, la ligne de crête passant par le pic Saint-Allouarn, les monts Henri et Raymond Rallier du Baty, le Bicorne, le glacier Cuvier, le col Glacé, le mont Porthos, le mont Double, la table de l'Institut, le pic Joliot-Curie, le col de la Tuyère, le mont Gay-Lussac, le pied du glacier Lavoisier, le Podium, le pied du glacier Descartes et jusqu'à la côte de l'entrée est de la baie du Young Williams ;
Iles Nuageuses ;
Iles Leygues ;
Ile Clugny ;
Ile de l'Ouest ;
Ile Saint-Lanne-Grammont ;
Ile Foch ;
Iles du golfe du Morbihan (Hoskyn, Pender, Bryer, Blackeney, Greak, Suhm, Antarès).
A Crozet :
Ile de l'Est ;
Ile des Pingouins ;
Ilots des Apôtres ;
Ile aux Cochons.
A Saint-Paul :
L'intégralité de l'île.