Le préfet coordonnateur de bassin établit, après avis du comité de bassin recueilli dans les conditions fixées au premier alinéa de l'article 19, un programme de surveillance de l'état des eaux qui définit l'objet et les types des contrôles, leur localisation et leur fréquence ainsi que les moyens à mettre en oeuvre à cet effet. Le programme de surveillance comprend des contrôles particuliers sur les masses d'eau risquant de ne pas atteindre les objectifs mentionnés au IV de l'article L. 212-1.
Le programme de surveillance de l'état des eaux est rendu applicable au plus tard le 22 décembre 2006. Il est ensuite régulièrement mis à jour après consultation du comité de bassin.
Un arrêté des ministres chargés de l'environnement et de la santé définit les modalités d'application du présent article. Il précise notamment les paramètres et les méthodes de contrôle à mettre en oeuvre dans le cadre du programme de surveillance de l'état des eaux.

Dans un délai de trois ans suivant la publication du programme pluriannuel de mesures, le préfet coordonnateur de bassin présente au comité de bassin une synthèse de la mise en oeuvre de ce programme, identifiant, le cas échéant, les difficultés et les retards constatés et proposant les mesures supplémentaires nécessaires.
Ces mesures supplémentaires sont arrêtées par le préfet coordonnateur de bassin après avis du comité de bassin.

Ne sont pas prises en compte dans l'évaluation de la réalisation des objectifs fixés par le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux les altérations temporaires de l'état des eaux dues à des causes naturelles ou accidentelles, exceptionnelles ou imprévisibles.
Toutefois, le préfet coordonnateur de bassin informe chaque année le comité de bassin de ces altérations et des mesures prises dans le cadre du programme prévu à l'article 19 pour prévenir toute nouvelle dégradation de l'état des eaux, pour restaurer dans les meilleurs délais possibles la masse d'eau affectée dans l'état qui était le sien et pour ne pas compromettre la réalisation des objectifs dans d'autres masses d'eau.
Lors de chaque mise à jour, le schéma directeur répertorie ces événements et présente un résumé des effets constatés et des mesures prises pour les atténuer et ne pas compromettre la réalisation des objectifs.

Dans chaque bassin et groupement de bassins, le premier schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux et le premier programme de mesures pris en application du présent décret doivent être publiés au plus tard le 22 décembre 2009.