Le comité se réunit sur convocation de son président et au moins une fois par an. Il est obligatoirement convoqué dans le mois suivant la demande du ministre intéressé ou du préfet. Le président arrête l'ordre du jour des travaux et fixe la date des séances.

Le secrétariat du comité est assuré par le préfet de Mayotte ou par une personne désignée par lui.

Des rapporteurs désignés par le président sont chargés de l'étude et de la présentation des affaires inscrites à l'ordre du jour. Ils sont choisis à l'intérieur ou à l'extérieur du comité.

Toute personne qualifiée peut être appelée par le président, s'il le juge utile, à participer aux travaux du comité avec voix consultative.