Le président et les vice-présidents de la commission des marchés publics de l'Etat peuvent bénéficier d'une indemnité forfaitaire dont le montant mensuel est fixé par arrêté des ministres chargés de l'économie, de la fonction publique et du budget.
Le montant de l'indemnité versée au président est réduite d'un soixantième pour chaque séance de la commission à laquelle il n'a pas participé ; le montant correspondant à cette réduction est ajouté à l'indemnité du membre de la commission qui a effectivement présidé la séance.