Les services de contrôle budgétaire et comptable ministériel relèvent, fonctionnellement et pour leur gestion, du directeur du budget et du directeur général de la comptabilité publique.

Le service de contrôle budgétaire et comptable ministériel est constitué d'un département de contrôle budgétaire et d'un département comptable.
Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel met en oeuvre le contrôle interne au sein de ces départements.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel exerce, auprès de l'ordonnateur principal, le contrôle financier prévu par le décret du 27 janvier 2005 susvisé.

Il est comptable assignataire des ordres de dépenses et de recettes de l'ordonnateur principal dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.
Il concourt à la tenue et à l'établissement des comptes de l'Etat, s'assure de la sincérité des enregistrements comptables et veille au respect des procédures comptables de l'Etat.

Il coordonne l'action des autorités chargées du contrôle financier auprès des services déconcentrés du ministère auprès duquel il est placé et des comptables publics assignataires des ordres de dépenses et de recettes émis par les ordonnateurs secondaires de ce ministère.

Il transmet au ministre chargé du budget et à l'ordonnateur principal auprès duquel il est placé des informations périodiques ainsi qu'un rapport annuel sur l'exécution budgétaire et une analyse de la situation financière.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut déléguer sa signature au chef du département du contrôle budgétaire et au chef du département comptable sauf pour les attributions qui lui sont confiées par l'article 7.