Les services de contrôle budgétaire et comptable ministériel relèvent, fonctionnellement et pour leur gestion, du directeur du budget et du directeur général des finances publiques.

Le service de contrôle budgétaire et comptable ministériel est constitué d'un département de contrôle budgétaire et d'un département comptable.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel met en oeuvre le contrôle interne au sein de ces départements.

Outre les missions qui lui sont confiées en qualité de comptable public par l'article 80 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique et celles qui lui sont confiées en matière de contrôle budgétaire par l'article 88 du même décret, le contrôleur budgétaire et comptable ministériel coordonne l'action des autorités chargées du contrôle budgétaire auprès des services déconcentrés du ministère auprès duquel il est placé et des comptables publics assignataires des ordres de dépenses et de recettes émis par les ordonnateurs secondaires de ce ministère.

Il transmet au ministre chargé du budget et à l'ordonnateur principal auprès duquel il est placé des informations périodiques ainsi qu'un rapport annuel sur l'exécution budgétaire et une analyse de la situation financière.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut donner délégation au chef du département comptable et, dans la limite de leurs attributions, aux agents placés sous l'autorité du chef du département comptable, pour signer tous les actes relatifs à l'exercice de ses fonctions de comptable public.

Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut donner délégation, en matière de contrôle budgétaire, dans les conditions prévues à l'article 89 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.