Les opérations financières et comptables de l'établissement public sont effectuées conformément aux dispositions des décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés.
L'établissement est soumis au contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Les attributions du contrôleur financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont fixées en tant que de besoin par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'établissement comprennent :
1° Les subventions, avances, fonds de concours et autres contributions attribués par l'Etat, les collectivités territoriales, les établissements publics et par toute autre personne ;
2° Le produit des concessions ;
3° Le produit des aliénations ;
4° Les dons et legs ;
5° Le produit de la gestion de son patrimoine ;
6° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'établissement comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais d'études, de fonctionnement, d'acquisition et d'équipement ;
3° Les impôts et contributions de toute nature ;
4° D'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'accomplissement de ses missions.

Par dérogation aux dispositions du 1° du I de l'article R. 88-1 du code du domaine de l'Etat, les transferts d'affectation entre le ministère de la justice et l'établissement s'effectuent à titre gratuit.

L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé du budget.