Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions des décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés. Les disponibilités de l'établissement sont déposées auprès d'un comptable du Trésor.

L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Le fonds est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1935 susvisé.