Le Conseil général vétérinaire est organisé en sections, commissions permanentes et instances spécialisées.
Les modalités de fonctionnement du conseil, le nombre de sections, de commissions permanentes et d'instances spécialisées, leur dénomination et leurs compétences sont arrêtés par le ministre chargé de l'agriculture.
L'affectation des membres du conseil général au sein des sections et des commissions est décidée par le vice-président après consultation du comité de direction. Tout inspecteur général est membre d'une ou plusieurs sections ou commissions.