L'obtention du certificat de sécurité est subordonnée au respect de conditions relatives à l'aptitude physique et professionnelle et à la formation du personnel affecté aux fonctions de sécurité sur le réseau ferré national, à la réglementation de sécurité sur le réseau ferré national et à ses modalités d'application, ainsi qu'aux règles techniques et de maintenance applicables aux matériels utilisant le réseau ferré national.
Un arrêté du ministre chargé des transports précise la nature de ces conditions et fixe les formalités de demande du certificat, les conditions techniques de sa délivrance, sa durée, les modalités de son renouvellement ou de sa modification, de son retrait et de sa suspension.

Le ministre chargé des transports délivre le certificat de sécurité après avis de Réseau ferré de France émis au vu d'un rapport technique établi par la Société nationale des chemins de fer français chargée, pour le compte de Réseau ferré de France, de la gestion du trafic et des circulations sur le réseau ferré national ainsi que du fonctionnement et de l'entretien des installations techniques et de sécurité de ce réseau.
La Société nationale des chemins de fer français prend, sous le contrôle de Réseau ferré de France, les mesures nécessaires pour assurer l'indépendance fonctionnelle du service qui réalise les rapports techniques, afin de garantir l'absence de toute discrimination dans l'exercice de ces fonctions. Ce service respecte la confidentialité des informations à caractère commercial qui lui sont communiquées pour les besoins de ces rapports.
Le certificat de sécurité précise les services et les lignes du réseau ferré national pour lesquels il est valable.
Les études nécessaires à l'instruction technique du certificat de sécurité donnent lieu à une rémunération égale au coût directement imputable à leur réalisation.

La Société nationale des chemins de fer français chargée, pour le compte de Réseau ferré de France, de la gestion du trafic et des circulations sur le réseau ferré national ainsi que du fonctionnement et de l'entretien des installations techniques et de sécurité de ce réseau, veille sans discrimination à ce que le titulaire du certificat de sécurité respecte les obligations prévues à l'article 14.
En cas de manquement grave ou répété à ces obligations, le ministre chargé des transports peut procéder au retrait total ou partiel du certificat de sécurité, après avoir mis son titulaire en mesure de présenter ses observations et après avis de Réseau ferré de France émis au vu d'un rapport technique établi par la Société nationale des chemins de fer français.
En cas de risque grave ou imminent, la Société nationale des chemins de fer français, agissant pour le compte de Réseau ferré de France, peut décider d'immobiliser un convoi à titre conservatoire. Elle en informe immédiatement Réseau ferré de France et le ministre chargé des transports, qui peut prononcer la suspension du certificat de sécurité pour une durée de trois mois au plus et engager une procédure de retrait.