L'agence est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur.

Le conseil d'administration comprend vingt-six membres :

• un président ;
• deux parlementaires désignés respectivement par l'Assemblée nationale et le Sénat ;
• sept représentants du ministre des affaires étrangères ;
• trois représentants du ministre de l'éducation nationale ;
• un représentant du ministre chargé du budget ;
• un représentant du ministre de la fonction publique ;
• un représentant du ministre chargé du commerce extérieur ;
• un membre du Conseil supérieur des Français à l'étranger ;
• deux représentants d'organismes gestionnaires d'établissements conventionnés, désignés par le ministre des affaires étrangères ;
• deux représentants des fédérations d'associations de parents d'élèves de l'enseignement français à l'étranger désignés dans des conditions définies par arrêté du ministre des affaires étrangères ;
• cinq représentants du personnel en service tant dans les établissements d'enseignement à l'étranger que dans les services centraux de l'agence, désignés par les organisations syndicales représentatives dans des conditions définies par arrêté du ministre des affaires étrangères.

Le président du conseil d'administration est nommé pour trois ans par décret, sur proposition du ministre des affaires étrangères, après consultation du ministre de l'éducation nationale.
Les représentants de l'administration sont nommés par arrêté du ministre qu'ils représentent. Ils cessent d'appartenir au conseil d'administration lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été nommés. Les autres représentants sont nommés par arrêté du ministre des affaires étrangères. En cas de vacance, le siège est pourvu dans un délai de trois mois et pour une durée qui ne peut excéder le terme du mandat en cours.
Le mandat, renouvelable, des administrateurs est de trois ans. Les fonctions sont exercées à titre gratuit. Les administrateurs sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par les décrets du 12 mars 1986 et du 28 mai 1990 susvisés.
Le président du conseil d'administration peut être suppléé par l'un des représentants du ministre des affaires étrangères siégeant au conseil.
Chaque membre du conseil, à l'exception de son président, peut se faire représenter par un suppléant nommément désigné. Les suppléants sont appelés à siéger en cas d'empêchement du titulaire ou en cas de vacance en cours de mandat jusqu'au remplacement du titulaire.
En cas d'empêchement du titulaire et de son suppléant, un administrateur peut donner procuration à un autre membre du conseil. Nul ne peut être porteur de plus de deux procurations.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président. Le président est tenu de convoquer le conseil sur demande du ministre des affaires étrangères ou du tiers des membres du conseil d'administration.
Le président fixe l'ordre du jour du conseil. Il est tenu d'inscrire à l'ordre du jour toute question que le ministre des affaires étrangères ou le ministre de l'éducation nationale lui demande d'y faire figurer. Il en va de même des demandes présentées par le tiers des membres du conseil d'administration.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration se réunit à nouveau dans un délai de quinze jours et délibère valablement sur le même ordre du jour, quel que soit le nombre de ses membres présents.
Les délibérations du conseil d'administration sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le conseil d'administration adopte son règlement intérieur à la majorité absolue des membres en exercice du conseil. Ce règlement entre en vigueur après approbation du ministre de tutelle.

Le directeur, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable de l'agence assistent avec voix consultative aux travaux du conseil d'administration.
Toute personne dont le président estime la présence utile peut également assister aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le conseil d'administration délibère sur les matières suivantes :
1. La politique générale de l'établissement ;
2. Les orientations en matière de gestion des personnels ;
3. Les principes de répartition des emplois dont les titulaires sont rémunérés dans les conditions définies par le décret du 4 janvier 2002 modifié susvisé ;
4. Les conventions types proposées aux établissements visés à l'article L. 452-4 du code de l'éducation, et notamment destinées à déterminer les modalités dans lesquelles l'agence met ses concours en personnels et en financements à la disposition de ces établissements ; ces conventions types précisent notamment les responsabilités respectives de l'agence et des établissements quant aux modalités de financement des rémunérations des personnels tels que définis à l'article 2 du décret du 4 janvier 2002 modifié susvisé ;
5. Le rapport annuel d'activité ;
6. Le budget et les décisions modificatives de celui-ci. Sont soumises au conseil d'administration les décisions modificatives du budget de l'agence qui comportent, soit une modification de l'équilibre global, soit une augmentation du montant global des dépenses, soit une diminution des recettes entraînant une perte ou une variation négative du fonds de roulement, soit des virements de crédits entre chapitres. Les autres décisions modificatives du budget de l'agence sont prises par le directeur de l'agence, après visa du membre du corps du contrôle général économique et financier et sont présentées pour information au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance. En cas d'urgence avérée et si le conseil d'administration ne peut se réunir à une date suffisamment proche, une décision modificative d'urgence peut être prise par le directeur de l'agence, après l'autorisation du membre du corps du contrôle général économique et financier, en accord avec le ministre des affaires étrangères et le président du conseil d'administration. Elle doit faire l'objet d'une approbation au cours du plus prochain conseil d'administration ;
7. Le compte financier et l'affectation des résultats ;
8. Les placements et les emprunts ;
9. Les acquisitions, aliénations, échanges, locations, baux, constructions et grosses réparations d'immeubles relevant de son domaine propre ;
10. Le programme annuel des travaux d'aménagement, d'entretien et de grosses réparations des immeubles remis en dotation ainsi que la délivrance des autorisations d'occupation temporaire de ces immeubles. Les modifications apportées au programme des travaux en cours d'année font l'objet d'une régularisation par le conseil d'administration ;
11. Les principes selon lesquels sont déterminées les redevances et rémunérations de toute nature perçues par l'agence ;
12. Les dons et legs ;
13. Les transactions ;
14. L'habilitation du directeur de l'agence à introduire les actions en justice.
Le conseil d'administration détermine les catégories de conventions qui, en raison de leur nature ou du montant financier engagé, doivent lui être soumis pour approbation.
Il fixe les redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des immeubles remis en dotation.

Le directeur de l'agence transmet les délibérations du conseil d'administration dans les dix jours qui suivent leur adoption au ministre des affaires étrangères. Lorsque la délibération présente un caractère pédagogique, elle est également transmise dans les mêmes conditions au ministre de l'éducation nationale.
Sauf opposition ou demande de surseoir à exécution adressée au directeur de l'agence par le ministre des affaires étrangères, les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après leur transmission. En cas d'urgence déclarée par le conseil d'administration, le ministre peut autoriser l'exécution immédiate.
Toutefois, les délibérations ayant une incidence financière ou budgétaire, notamment celles portant sur le budget et les décisions modificatives de celui-ci, le compte financier, les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont transmises au ministre des affaires étrangères et au ministre chargé du budget. Elles sont exécutoires par approbation tacite un mois après leur réception ou, en cas d'urgence, par approbation expresse, conformément au décret du 8 juillet 1999 susvisé.
Les délibérations relatives aux emprunts ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par arrêté conjoint des ministres des affaires étrangères et du budget.

Le directeur de l'agence est nommé pour trois ans par décret sur proposition du ministre des affaires étrangères.
Il est assisté d'un directeur adjoint et d'un secrétaire général. Le directeur adjoint assure l'intérim du directeur de l'agence en cas de vacance ou d'empêchement.

Le directeur de l'agence dirige l'établissement public national dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration. Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration. Il assure le fonctionnement des services de l'agence. Il recrute, affecte et gère l'ensemble des personnels de l'agence sur lesquels il a autorité.
Il représente l'agence en justice et dans les actes de la vie civile.
Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes de l'agence.
Dans le cadre du budget de l'agence approuvé par le conseil d'administration, il notifie les budgets des établissements en gestion directe ou des groupements de gestion d'établissements.
Il arrête le montant des frais de scolarité, des frais d'examen et des autres tarifs conformément aux principes fixés par le conseil d'administration.
Il procède à l'attribution des bourses scolaires dans les conditions prévues par le décret n° 91-833 du 30 août 1991 relatif aux bourses scolaires au bénéfice d'enfants français résidant avec leur famille à l'étranger.
Il conclut les contrats et conventions sous réserve des dispositions de l'article 8 du présent décret.
Le directeur de l'agence définit les attributions des chefs d'établissement. Il peut déléguer aux chefs des établissements en gestion directe ou à ceux des établissements principaux des groupements de gestion définis à l'article 1er du présent décret tout ou partie de ses pouvoirs dans les domaines du recrutement et de la gestion des personnels, du fonctionnement des services, de la représentation de l'agence en justice, de la conclusion de conventions.
Il peut déléguer sa signature.