I. - La commission définit l'organisation et l'orientation de l'ensemble des contrôles et veille à l'établissement et à l'exécution des programmes de vérification.
II. - La commission effectue les audits des systèmes de gestion et de contrôle mis en place par les personnes et organismes visés à l'article 1er, alinéa 2, afin de s'assurer de la qualité et de la fiabilité de ces systèmes, et établit un rapport accompagné d'une synthèse pour chaque audit de système. Elle effectue le contrôle d'opérations inscrites dans les programmes bénéficiant de fonds structurels européens.
Elle est destinataire des synthèses des contrôles effectués tant par les inspections générales, les administrations centrales et les services déconcentrés des départements ministériels concernés que par les autorités de gestion et de paiement, notamment les collectivités territoriales, et les organismes par lesquels ont transité les concours pour en évaluer les résultats.
Elle établit le rapport annuel d'activité sur les contrôles prévu à l'article 13 du règlement (CE) n° 438 du 2 mars 2001 susvisé.
Elle adresse aux autorités de gestion et de paiement, notamment les collectivités territoriales aux ministères concernés toute recommandation nécessaire pour améliorer les systèmes de gestion et de contrôle, leur propose les mesures appropriées pour remédier aux déficiences constatées et est informée des suites qui y sont données.
III. - La commission établit sur la base de rapports contradictoires des déclarations de validité qui doivent être présentées à la Commission européenne en application des articles 15, 16 et 17 du règlement (CE) n° 438 du 2 mars 2001 susvisé, pour chaque forme d'intervention.