Il est institué une commission nationale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations. Elle comprend deux sections, l'une chargée de l'examen du référentiel, l'autre de l'agrément des organismes certificateurs, et une commission permanente.
La section examen du référentiel est chargée de donner son avis aux ministres chargés de l'agriculture et de la consommation sur les projets de modification du référentiel de l'agriculture raisonnée.
La section agrément des organismes certificateurs est chargée de donner son avis aux ministres chargés de l'agriculture et de la consommation sur les demandes d'agrément des organismes certificateurs.
La commission permanente assure la cohérence des avis et des propositions émis par les sections.
Ces deux sections et la commission permanente font toutes propositions, dans leurs domaines de compétence, susceptibles de concourir au bon fonctionnement, au développement et à la valorisation de l'agriculture raisonnée.
Elles donnent un avis sur les questions dont elles sont saisies par les ministres chargés de l'agriculture et de la consommation.

Outre leur président, les deux sections sont composées :
a) D'un collège des organismes certificateurs ;
b) D'un collège des producteurs agricoles ;
c) D'un collège des représentants des filières agricoles et alimentaires ;
d) D'un collège des représentants des organisations de consommateurs, des associations de protection de la nature et des syndicats de salariés agricoles ;
e) D'un collège de personnalités qualifiées ;
f) D'un collège des représentants de l'administration.
La commission permanente est composée du président de la commission nationale, des présidents des sections et de représentants des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation.

Le président de la Commission nationale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations est désigné par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation pour une durée de trois ans ou, pour la première désignation, jusqu'au 31 décembre 2003. Les présidents des deux sections sont désignés dans les mêmes conditions que le président de la commission. Ils assurent la vice-présidence de la commission.
Le nombre des membres de chacun des collèges et la liste des organisations représentées pour chaque section sont définis par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation.
A l'exception des représentants de l'administration, les membres de la commission sont nommés pour une durée de trois ans ou, pour la première désignation, jusqu'au 31 décembre 2003, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation, après consultation des organisations représentatives intéressées.
Si un membre de la commission démissionne, décède, est démis de son mandat ou cesse en cours de mandat d'exercer les fonctions en raison desquelles il a été nommé, il est pourvu à son remplacement pour la durée de son mandat restant à courir.
Pour chaque siège, il est désigné un titulaire et un suppléant. Seuls les membres titulaires assistent aux réunions. En leur absence, ils sont représentés par leur suppléant. Après trois absences consécutives d'un membre titulaire non représenté par son suppléant, il pourra être procédé à son remplacement dans les conditions mentionnées aux troisième et quatrième alinéas du présent article.
Les membres de la commission nationale doivent jouir de leurs droits civiques et ne pas avoir été déclarés en faillite personnelle ni avoir fait l'objet d'une condamnation pour fraudes fiscales ou commerciales. Ils sont soumis à l'obligation de confidentialité. Les fonctions de membre de la commission nationale sont exercées à titre gratuit.

Chaque section est réunie à la demande de son président, du ministre de l'agriculture, du ministre chargé de la consommation ou de la majorité de ses membres.
Le secrétariat de la section examen du référentiel est assuré par la direction de l'espace rural et de la forêt. Le secrétariat de la section agrément des organismes certificateurs est assuré par la direction générale de l'alimentation. Le secrétariat de la commission siégeant en formation plénière est assuré conjointement par ces deux directions.
Les membres des deux sections se réunissent en séance plénière, sur la convocation du président de la commission nationale, du ministre de l'agriculture ou du ministre chargé de la consommation.
Le président de la commission nationale peut réunir les deux sections avec l'accord des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation.
La commission nationale siégeant en formation plénière et les sections ne peuvent valablement prononcer d'avis qu'en présence d'au moins la majorité de leurs membres. Les avis sont émis à la majorité des membres présents ou représentés.
Le président de la commission nationale transmet aux ministres chargés de l'agriculture et de la consommation les avis émis par chacune des sections et, le cas échéant, par la commission nationale siégeant en formation plénière.
Des règlements intérieurs, approuvés par les ministres chargés de l'agriculture et de la consommation, peuvent déterminer les règles de fonctionnement de chacune des sections.

Il est créé, dans chaque région, une commission régionale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations.
La commission régionale de l'agriculture raisonnée et de la qualification des exploitations est chargée d'examiner toutes les questions relatives à l'agriculture raisonnée qui lui seraient soumises par le préfet de région et relevant du niveau régional.
Elle est notamment chargée d'identifier les enjeux environnementaux propres aux différentes zones géographiques et de proposer les exigences territoriales correspondantes mentionnées à l'article 2 du présent décret.
Elle fait parvenir dans un délai de deux mois au secrétariat de la commission nationale les avis qu'elle a émis.
Un arrêté des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation définit la composition et les règles de fonctionnement des commissions régionales.