Chaque section est réunie à la demande de son président, du ministre de l'agriculture, du ministre chargé de la consommation ou de la majorité de ses membres.

Le secrétariat de la section examen du référentiel est assuré par la direction de l'espace rural et de la forêt. Le secrétariat de la section agrément des organismes certificateurs est assuré par la direction générale de l'alimentation. Le secrétariat de la commission siégeant en formation plénière est assuré conjointement par ces deux directions.

Les membres des deux sections se réunissent en séance plénière, sur la convocation du président de la commission nationale, du ministre de l'agriculture ou du ministre chargé de la consommation.

Le président de la commission nationale peut réunir les deux sections avec l'accord des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation.

La commission nationale siégeant en formation plénière et les sections ne peuvent valablement prononcer d'avis qu'en présence d'au moins la majorité de leurs membres. Les avis sont émis à la majorité des membres présents ou représentés.

Le président de la commission nationale transmet aux ministres chargés de l'agriculture et de la consommation les avis émis par chacune des sections et, le cas échéant, par la commission nationale siégeant en formation plénière.

Des règlements intérieurs, approuvés par les ministres chargés de l'agriculture et de la consommation, peuvent déterminer les règles de fonctionnement de chacune des sections.