La Commission nationale du débat public élabore son règlement intérieur. Ce règlement fixe notamment les règles de fonctionnement des commissions particulières et précise les conditions dans lesquelles le président de la Commission nationale du débat public peut déléguer sa signature aux vice-présidents.

Les membres de la Commission nationale du débat public autres que le président et les vice-présidents perçoivent une indemnité forfaitaire attribuée en fonction de leur présence effective aux séances de la commission.
Le président de la commission fixe le montant de l'indemnité allouée à chacun des membres.
Les membres de la Commission nationale du débat public ont droit au remboursement des frais de transport et de séjour qu'ils sont susceptibles d'engager à l'occasion des déplacements effectués dans le cadre de leur mission dans les conditions applicables aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Lorsque la Commission nationale du débat public décide la constitution d'une commission particulière, le président et les membres de cette commission ont droit à une indemnité et au remboursement, sur justificatifs, des frais qu'ils ont engagés.
Le président de la commission nationale fixe, dans chaque cas, sur proposition du président de la commission particulière, le montant de l'indemnité allouée et, le cas échéant, de l'allocation provisionnelle accordée.

Les frais et indemnités prévus aux articles 14 et 15 du présent décret sont imputés sur le budget de la Commission nationale du débat public.
Leurs modalités de calcul sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'environnement, du budget et de la fonction publique.