Par dérogation aux dispositions de l'article 43 du décret du 17 janvier 1986 susvisé, les sanctions disciplinaires susceptibles d'être appliquées aux agents du CNASEA sont les suivantes :
1. L'avertissement ;
2. Le blâme ;
3. L'abaissement d'échelon ;
4. Le déplacement d'office ;
5. L'exclusion temporaire des fonctions, sans rémunération, pour une durée maximale de six mois ;
6. Le licenciement, sans préavis ni indemnité.
Les sanctions disciplinaires autres que l'avertissement et le blâme ne peuvent être prononcées qu'après avis de la commission consultative paritaire compétente réunie en formation disciplinaire.
Le blâme est effacé automatiquement du dossier au bout de trois ans à compter de la date de sa notification si aucune autre sanction n'est intervenue pendant cette période.

En cas de faute grave commise par un agent, qu'il s'agisse d'un manquement à ses obligations professionnelles ou d'une infraction de droit commun, l'auteur de cette faute peut être immédiatement suspendu de ses fonctions par décision du directeur général.
En cas de faute professionnelle, le directeur général doit statuer sur la sanction encourue dans un délai de deux mois à compter de la suspension. Cette durée peut, toutefois, être prolongée, dans la limite de quatre mois, pour informations complémentaires.
Pendant la durée de la suspension, la rémunération de l'intéressé peut être réduite, au plus, de moitié. Toutefois l'agent continue à percevoir la totalité des suppléments pour charge de famille.
Lorsque l'intéressé n'a subi aucune sanction à l'issue de la période de suspension ou lorsque cette sanction n'excède pas l'abaissement d'échelon, il a droit au versement des retenues opérées sur sa rémunération durant cette période.

Lorsque l'agent fait l'objet de poursuites pénales, la commission consultative paritaire compétente réunie en formation disciplinaire peut, à la majorité des membres présents, proposer de suspendre la procédure disciplinaire jusqu'à l'intervention de la décision du tribunal. Si le directeur général décide néanmoins de poursuivre la procédure, la commission doit se prononcer sur la sanction disciplinaire encourue par l'agent dans le délai de deux mois à compter de la notification de cette décision à l'intéressé.