Dans le domaine des sciences naturelles et humaines, le Muséum contribue à la production, au développement et au partage des connaissances sur la diversité géologique et biologique de la Terre, sur la diversité des cultures et des sociétés et sur l'histoire de la planète.

A cette fin, il a pour mission de développer en synergie la recherche fondamentale et appliquée, l'expertise, la valorisation, l'enrichissement, la conservation et la mise à disposition des collections et des données, la formation dont l'enseignement, l'action éducative et la diffusion de la culture scientifique et technique à l'intention de tous les publics.