L'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général. Le conseil d'administration comprend, outre son président :
1° Sept membres de droit :
a) Le directeur de l'administration générale et de l'équipement ou son représentant ;
b) Le directeur de l'administration pénitentiaire ou son représentant ;
c) Le directeur des services judiciaires ou son représentant ;
d) Le directeur du budget ou son représentant ;
e) Le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction ou son représentant ;
f) Le directeur de l'hospitalisation et de l'organisation des soins ou son représentant ;
g) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;
2° Sept personnalités désignées par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, parmi lesquelles :

• un directeur régional des services pénitentiaires ;
• un chef d'établissement pénitentiaire ;
• deux chefs de cours d'appel ou de tribunaux de grande instance ;

3° Deux représentants du personnel de l'agence élus dans les conditions fixées par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une période de trois ans renouvelable.
Il veille à l'accomplissement de ses missions par l'établissement.
Il peut prendre, sous réserve de l'accord du contrôleur financier et d'une ratification par le conseil d'administration lors de sa plus proche séance, les décisions de modification du budget qui ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni accroissement des effectifs, ni diminution du montant total des recettes, ni virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital, ou entre les chapitres des dépenses de personnels et les chapitres des dépenses de matériel.

Les membres du conseil d'administration autres que les membres de droit sont nommés pour une durée de trois ans renouvelable. En cas de vacance d'un siège pour quelque cause que ce soit, un autre membre est nommé dans les mêmes conditions pour la durée du mandat restant à courir.
Le président et les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'agence pour des marchés de travaux, de fournitures et de prestations de services. Ils ne peuvent également ni assurer des prestations pour ces entreprises, ni prêter un concours à titre onéreux à l'agence.
Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour, après avis du directeur général.
Le conseil est en outre convoqué par le président à la demande du garde des sceaux, ministre de la justice, ou du tiers de ses membres. Dans ce cas, la séance a lieu dans un délai de deux mois à compter de la demande. Les questions dont le garde des sceaux, ministre de la justice, ou le tiers des membres du conseil demandent l'examen sont inscrites de droit à l'ordre du jour.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres sont présents. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est de nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai de huit jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le directeur général, le contrôleur financier et l'agent comptable, ainsi que toute personne dont le conseil ou son président souhaite recueillir l'avis, assistent aux séances du conseil avec voix consultative.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence. Il délibère notamment sur :
1° Les orientations de l'agence et son programme d'activités ;
2° Le budget et ses modifications ;
3° Le compte financier et l'affectation du résultat de l'exercice ;
4° Les principes de tarification des prestations mentionnées au deuxième alinéa de l'article 2 et de rémunération des activités mentionnées au troisième alinéa de cet article ;
5° Le rapport annuel d'activité ;
6° L'organisation générale des services ;
7° Les projets de conventions et contrats mentionnés au 3° de l'article 3 et à l'article 4, et les projets de contrats portant sur les activités mentionnées au troisième alinéa de l'article 2 ;
8° Les projets d'achat ou de prise à bail d'immeubles, et pour les biens dont l'agence est propriétaire, les projets de vente et de baux ;
9° Les dons et legs ;
10° L'exercice des actions en justice et les transactions ;
11° Les conditions générales de passation des marchés ;
12° Les prises, extensions et cessions de participations et les créations de filiales ;
13° L'approbation des concessions.
Le conseil d'administration arrête son règlement intérieur.

Les délibérations du conseil d'administration mentionnées aux 5°, 6° et 10° de l'article précédent sont exécutoires de plein droit si le garde des sceaux, ministre de la justice, n'y fait pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations mentionnées aux 1°, 4°, 7°, 8°, 9° et 13° du même article deviennent exécutoires de plein droit si le garde des sceaux, ministre de la justice, et le ministre chargé du budget n'y font pas opposition dans les quinze jours qui suivent la réception du procès-verbal de la séance.
Les délibérations relatives aux 11° et 12° du même article doivent, pour devenir exécutoires, faire l'objet d'une approbation expresse du garde des sceaux, ministre de la justice, et du ministre chargé du budget.
Les délibérations portant sur le budget et ses modifications ainsi que sur le compte financier sont approuvées dans les conditions déterminées par le décret du 8 juillet 1999 susvisé.

Le directeur général de l'agence est nommé par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice.
Il est assisté de deux directeurs adjoints, nommés, sur sa proposition, par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice.
Le directeur général dirige l'agence. A ce titre :
1° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° Il a autorité sur l'ensemble des personnels ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
5° Il représente l'établissement en justice et dans les actes de la vie civile.
Il peut déléguer sa signature aux directeurs adjoints et aux chefs de service de l'agence.