L'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général. Le conseil d'administration comprend, outre son président :
1° Sept membres de droit :
a) Le directeur de l'administration générale et de l'équipement ou son représentant ;
b) Le directeur de l'administration pénitentiaire ou son représentant ;
c) Le directeur des services judiciaires ou son représentant ;
d) Le directeur du budget ou son représentant ;
e) Le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction ou son représentant ;
f) Le directeur de l'hospitalisation et de l'organisation des soins ou son représentant ;
g) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;
2° Sept personnalités désignées par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, parmi lesquelles :

• un directeur régional des services pénitentiaires ;
• un chef d'établissement pénitentiaire ;
• deux chefs de cours d'appel ou de tribunaux de grande instance ;

3° Deux représentants du personnel de l'agence élus dans les conditions fixées par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice.