Le directeur général de l'agence est nommé par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice.
Il est assisté de deux directeurs adjoints, nommés, sur sa proposition, par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice.
Le directeur général dirige l'agence. A ce titre :
1° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
2° Il a autorité sur l'ensemble des personnels ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° Il conclut les contrats, conventions et marchés ;
5° Il représente l'établissement en justice et dans les actes de la vie civile.
Il peut déléguer sa signature aux directeurs adjoints et aux chefs de service de l'agence.