Le directeur de l'Agence pour les technologies de l'information et de la communication dans l'administration est nommé par décret du Premier ministre.

Le directeur de l'agence préside un comité scientifique, composé de personnalités choisies en raison de leurs compétences dans le domaine des technologies de l'information, qui assiste l'agence. Il contribue, en particulier, à l'évaluation de l'état de l'art et de ses évolutions prévisibles. Ses membres sont nommés par arrêté du Premier ministre.

Un conseil d'orientation, dont la composition est fixée par arrêté du Premier ministre et auquel participent des représentants des ministères, des collectivités locales et des organismes régis par le code de la sécurité sociale, rend un avis sur le programme de travail de l'agence. Il peut émettre des recommandations sur les actions à mener, en particulier dans le domaine des logiciels et de l'interopérabilité des systèmes.