L'établissement est administré par un conseil d'administration de seize membres comportant deux collèges :

1. Huit membres représentant l'Etat désignés à raison d'un membre par chacun des ministres chargés respectivement :

de l'urbanisme ;

des transports ;

de l'aménagement du territoire ;

de l'économie ;

du budget ;

des collectivités locales ;

de l'enseignement supérieur ;

du logement ;

2. Huit membres représentant les collectivités territoriales :

le président du conseil régional d'Ile-de-France ou son représentant désigné par lui au sein du conseil régional ;

le président du conseil général des Hauts-de-Seine ou son représentant désigné par lui au sein du conseil général ;

le maire de la commune de Nanterre ou son représentant désigné par lui au sein du conseil municipal ;

cinq représentants de la commune de Nanterre élus en son sein par le conseil municipal.

Le préfet de la région Ile-de-France, le préfet des Hauts-de-Seine, le directeur régional de l'équipement d'Ile-de-France, le directeur départemental de l'équipement des Hauts-de-Seine, le secrétaire général du groupe central des grandes opérations d'urbanisme, ou leurs représentants, assistent de plein droit aux réunions du conseil d'administration et sont entendus chaque fois qu'ils le demandent.

Le directeur général de l'établissement, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable ont accès aux réunions du conseil d'administration.