Les risques de conflits d'intérêts sont gérés, d'une part, en amont de l'expertise avant la nomination des experts et, d'autre part, tout au long de la réalisation d'une expertise, notamment à l'occasion de chaque réunion du GPE concerné et au regard des dossiers à examiner.
Il appartient à chaque membre d'un GPE, à réception de l'ordre du jour d'une réunion pour laquelle il est sollicité, de vérifier si l'ensemble de ses liens d'intérêts sont compatibles avec sa présence lors de tout ou partie de cette réunion. En cas d'incompatibilité, il lui appartient d'en avertir le secrétariat du GPE concerné, notamment au moyen du formulaire de participation joint à la convocation, et le président de séance avant sa tenue.
Avant chaque réunion d'un GPE, le secrétariat analyse les liens d'intérêts déclarés par les membres de ce groupe au regard des sujets inscrits à l'ordre du jour de la séance et informe le président des conflits d'intérêts identifiés.
Au début de chaque séance d'un GPE, le président informe les membres des liens et des conflits d'intérêts dont il a connaissance et des mesures mises en œuvre pour gérer les éventuels conflits.

L'identification d'un conflit d'intérêts, au regard d'un sujet inscrit à l'ordre du jour d'une séance d'un GPE, conduit à exclure, dans les conditions prévues par le règlement intérieur des GPE, la participation du membre concerné sur ce point de l'ordre du jour, sauf situation décrite à l'article 23.

Le règlement intérieur des GPE précise, le cas échéant, les règles de prévention et de gestion des conflits d'intérêts applicables aux membres de ces instances.