Tous les agents du Défenseur des droits font l'objet d'une évaluation professionnelle annuelle.
Cette évaluation s'appuie sur un entretien professionnel annuel, effectué par le supérieur hiérarchique direct, et qui donne lieu à un compte rendu écrit. Au terme de l'entretien, le supérieur hiérarchique porte une appréciation sur la valeur professionnelle de l'agent évalué, au regard des objectifs qui lui ont été assignés, des résultats obtenus et de la manière de servir. Il fixe, en concertation avec l'agent, les objectifs assignés pour la période annuelle à venir et les moyens pour y parvenir.
L'entretien annuel est également l'occasion d'aborder la situation salariale de l'intéressé, les besoins en formation, les projets professionnels, les possibilités de promotion, les souhaits de mobilité interne ou externe ainsi que les qualités managériales des encadrants.

Tous les agents permanents (fonctionnaires détachés ou mis à disposition, contractuels à durée déterminée de trois ans et contractuels à durée indéterminée) en fonction dans l'Institution au moment de la campagne annuelle sont concernés par une évaluation professionnelle.
Dès lors qu'ils comptent moins de six mois de services effectifs dans l'Institution, les agents permanents bénéficient, sous forme d'un bilan d'étape, d'une évaluation partielle permettant de fixer les objectifs à atteindre et de recenser les besoins en formation pour l'année N+1.
Les agents recrutés en renfort ou en remplacement ponctuel sont exclus du dispositif d'évaluation. Toutefois, ceux qui font l'objet d'un changement de situation administrative (renouvellement en contrat d'une durée d'au moins un an) bénéficient d'un entretien individuel avec leur supérieur hiérarchique afin de fixer les objectifs à atteindre et recenser les besoins en formation pour la période à venir.