Les conditions dans lesquelles s'exerce l'activité de l'agent habilité sont déterminées par un protocole d'intervention dont le modèle type est fixé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. L'agent doit s'y conformer lors de la réalisation de l'identification électronique des équidés. Ce protocole est signé par l'agent.

Le vétérinaire peut à tout moment contrôler la qualité des marquages électroniques réalisés par l'agent habilité, le cas échéant en l'accompagnant lorsqu'il procède à l'identification électronique.