Le budget de l'Office est soumis à l'approbation du ministre de l'agriculture et du ministre chargé des finances.

L'agent comptable de l'Office est nommé par décret.

Il est justiciable de la Cour des comptes et soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances.

Un contrôleur d'Etat, placé sous l'autorité du ministre chargé des finances, exerce le contrôle du fonctionnement financier de l'Office. Sa compétence s'étend à toutes les opérations susceptibles d'avoir une répercussion financière directe et indirecte.