Un rapport annuel est établi, pour chaque département ministériel, par le référent ministériel. Il prend en compte les éléments qui lui ont été transmis par les référents laïcité désignés dans les directions, les services déconcentrés et, le cas échéant, les établissements publics placés sous l'autorité du même ministre.
Ce rapport est adressé par le ministre compétent au ministre de l'intérieur et au ministre chargé de la fonction publique qui établissent une synthèse générale. Cette synthèse est présentée au comité interministériel de la laïcité. Une synthèse est également transmise aux membres du Conseil commun de la fonction publique.