Les services de l'agence sont placés sous l'autorité d'un directeur général nommé par décret sur proposition du ministre chargé de l'immigration.

Le directeur général représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile.

Il assure la gestion et la conduite générale de l'agence, la préparation et l'exécution des délibérations du conseil d'administration. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement. Il passe tous actes, contrats ou marchés et conclut les transactions.

Le directeur général peut déléguer sa signature à tout agent de l'établissement exerçant des fonctions d'encadrement.

Il peut nommer des ordonnateurs secondaires.

Le directeur général élabore la contribution de l'agence au rapport annuel sur les orientations pluriannuelles de la politique d'immigration prévu par l'article L. 111-10 du code de l'entrée et du séjour des étrangers et du droit d'asile.

Il dresse chaque année un rapport qu'il présente au conseil d'administration au cours du premier semestre, qui rend compte de l'exécution du contrat pluriannuel mentionné à l'article R. 341-9 et de l'activité de l'agence durant l'exercice écoulé.

Le directeur général transmet chaque mois au ministre chargé de l'intégration les données relatives aux opérations concernant, d'une part, l'accueil des étrangers titulaires d'un premier titre de séjour d'au moins un an et, d'autre part, l'accueil et l'hébergement des demandeurs d'asile et des réfugiés.

L'action sociale spécialisée mise en oeuvre en direction des personnes immigrées en application du huitième alinéa de l'article L. 341-9 est conduite, dans le respect des règles déontologiques résultant de leur statut et de l'article L. 411-3 du code de l'action sociale et des familles, par des assistants de service social tels que mentionnés à l'article L. 411-1 du même code. L'encadrement technique de ces assistants est assuré par des agents qualifiés dans ce domaine.

L'agence peut accueillir en détachement ou par voie de mise à disposition des agents relevant de la fonction publique de l'Etat, de la fonction publique territoriale et de la fonction publique hospitalière ainsi que des agents relevant d'organismes publics ou privés assurant la gestion d'un service public, dans le cadre de la réglementation qui leur est applicable.

Les missions de l'agence à l'étranger sont placées sous le contrôle permanent des représentants diplomatiques et consulaires français à l'étranger.