La convention de création prévoit les conditions dans lesquelles est établi chaque année le budget du centre ou de la section d'apprentissage. Pour les centres de formation d'apprentis, ce budget doit être distinct de celui de l'organisme gestionnaire ; pour les sections d'apprentissage, ce budget doit être identifié au sein du budget de l'établissement.

Pour les organismes et établissements soumis aux règles de la comptabilité publique ou à la tutelle de l'Etat, et pour les établissements d'enseignement privés sous contrat, ce budget est constitué par une section particulière du budget général de l'organisme ou de l'établissement dans lequel est créée la section d'apprentissage.

Par ailleurs, chaque centre de formation d'apprentis ou section d'apprentissage établit une comptabilité distincte de celle de l'organisme gestionnaire, que celui-ci soit soumis aux règles de la comptabilité publique ou privée.

Pour les centres de formation d'apprentis dont la comptabilité n'est pas tenue par un comptable public, les comptes doivent être certifiés par un commissaire aux comptes.