L'Agence nationale de l'accueil des étrangers et des migrations est administrée par un conseil d'administration et dirigée par un directeur général.

Le conseil d'administration comprend, outre son président, des représentants de l'Etat, des représentants du personnel de l'agence et des personnalités qualifiées.

Le président du conseil d'administration et le directeur général sont nommés par décret.

Les ressources de l'agence sont constituées par des taxes, des redevances et des subventions de l'Etat.

Pour l'exercice de ses missions, l'agence peut recruter des agents non titulaires sous contrat à durée indéterminée.

Un décret en Conseil d'Etat précise les règles d'organisation et de fonctionnement de l'Agence nationale de l'accueil des étrangers et des migrations.