L'autorité compétente pour statuer, après enquête sur une installation, un ouvrage, une activité ou des travaux soumis à autorisation en application de l'article 10 de la loi n° 92-3 du 3 janvier 1992 susvisée, est le préfet du département sur le territoire duquel l'installation, l'ouvrage, l'activité ou les travaux doivent être réalisés.
Lorsque l'installation, l'ouvrage, l'activité ou les travaux doivent être réalisés sur le territoire de deux ou plusieurs départements, il est statué par un arrêté conjoint des préfets des départements intéressés.
Toutefois, en cas de désaccord du maire de l'une des communes sur le territoire desquelles l'enquête a été ouverte, et si l'objet de l'enquête fait partie d'un projet d'infrastructure du domaine public fluvial d'un coût supérieur à 1829388,21 euros, il est statué par décret en Conseil d'Etat.

Toute demande de prise d'un volume supérieur à deux mètres cubes par seconde sur un cours d'eau du domaine public fluvial comportant le transport de tout ou partie de ce volume hors des limites des départements riverains de ce cours d'eau, ne peut être autorisée qu'après avis soit des conseils généraux des départements où la prise d'eau est faite ou situés immédiatement à l'aval, soit de leur commission départementale à qui délégation spéciale pourra être conférée à cet effet.
Ces avis devront être donnés dans le délai maximum de six mois à compter du jour de la consultation.

Les titulaires d'autorisations de prise d'eau sur les ports intérieurs, les cours d'eau domaniaux et sur les canaux de navigation sont assujettis à payer à l'Etat une redevance calculée d'après les bases fixées par un décret en Conseil d'Etat.
Sur les cours d'eau, sections de cours d'eau, canaux, lacs et plans d'eau et ports intérieurs appartenant ou confiés en gestion à une collectivité territoriale ou un groupement, la redevance est perçue à son profit. Elle est établie par délibération de l'assemblée délibérante de la collectivité territoriale ou du groupement, dans les limites fixés par décret en Conseil d'Etat.
Les dispositions du présent article ne sont pas applicables aux cours d'eau domaniaux et aux canaux confiés à l'établissement public créé par l'article 67 de la loi du 27 février 1912 portant fixation du budget général des dépenses et des recettes de l'exercice 1912.

Les ouvrages destinés à tirer partie de l'énergie des eaux du domaine public fluvial sont soumis à la législation relative à l'utilisation de l'énergie hydraulique.