En vue de prévenir l'introduction des objets et produits prohibés mentionnés à l'article R. 5332-15 à chacun des niveaux de sûreté, l'exploitant de l'installation portuaire procède, dans les conditions prévues par les articles L. 5332-11 à L. 5332-15, aux opérations d'inspection-filtrage des personnes et des véhicules pénétrant dans la zone à accès restreint de l'installation portuaire, ainsi que des colis, bagages et marchandises qu'ils transportent. Les modalités de ces contrôles sont fixées par un arrêté conjoint des ministres de l'intérieur et de la défense et des ministres chargés des transports et des douanes.

L'armateur de navire procède, dans les conditions prévues par l'article L. 5332-13, aux opérations d'inspection-filtrage des personnes et des véhicules pénétrant dans le navire, ainsi que des colis, bagages et marchandises qu'ils transportent.

Les exploitants d'installation et les armateurs de navires peuvent, au moyen d'un accord, définir la répartition des contrôles de sûreté leur incombant. Cet accord prend la forme d'une convention annexée au plan de sûreté de l'installation si l'installation accueille le navire de façon régulière ou habituelle, ou d'une déclaration de sûreté dans le cas d'escales occasionnelles.