Les grands ports maritimes sont soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185, 204 à 208 et 220 à 228.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés des ports maritimes et du budget, après avis du conseil de surveillance.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Avec l'accord du ministre chargé du budget, le président du directoire peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées soit directement par l'agent comptable, soit, sous sa responsabilité, par certains agents du grand port maritime désignés après son accord par le président du directoire. L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le président du directoire émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.

Dans le cadre de la certification des comptes annuels, le ou les commissaires aux comptes mentionnés à l'article L. 5312-8 sont nommés par le ministre chargé de l'économie sur proposition du conseil de surveillance.
Si le grand port maritime établit des comptes consolidés, les deux commissaires aux comptes et deux suppléants au moins, comme le prévoit l'article 30 de la loi n° 84-148 du 1er mars 1984 relative à la prévention et au règlement amiable des difficultés des entreprises, sont nommés par le ministre chargé de l'économie sur proposition du conseil de surveillance.
Les commissaires aux comptes des grands ports maritimes exercent leur mission dans les conditions prévues au titre II du livre VIII du code de commerce.

Le grand port maritime tient à titre de justificatif un compte de résultat séparé pour les activités exercées au titre du 2° de l'article L. 5312-4.

Le directoire établit et présente pour approbation au conseil de surveillance le budget relatif à l'exercice suivant. Il comporte deux sections distinctes, l'une pour les dépenses et les recettes d'exploitation, l'autre pour les opérations en capital.
Le budget est transmis aux ministres chargés des ports maritimes, de l'économie et du budget avant le 1er décembre de l'année précédant l'ouverture de l'exercice.

Le budget est établi par année civile.
Les opérations en capital peuvent donner lieu à des prévisions d'exécution échelonnées sur plusieurs années.

Si le budget n'est pas encore approuvé à l'ouverture de l'exercice, le directoire peut néanmoins engager, sauf opposition de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, dans la limite des ressources disponibles à cet effet, les dépenses antérieurement autorisées et ordonner les paiements correspondants.
Il peut, dans la limite des prévisions adoptées par le conseil de surveillance et des crédits approuvés au titre de l'année précédente, engager, sauf opposition de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, les dépenses indispensables à la continuité de la gestion.
Les modifications du budget reconnues nécessaires en cours d'exercice sont arrêtées et approuvées dans les mêmes formes.
En cours d'exercice, un suivi de l'exécution du budget, incluant une analyse par poste des écarts avec la prévision, est communiqué au moins deux fois par an au conseil de surveillance.

Un règlement des marchés adopté par le conseil de surveillance du grand port maritime fixe les principes de détermination des règles de publicité et de mise en concurrence des marchés passés dans le respect des procédures prévues à l'article L. 2120-1 du code de la commande publique.
Il peut prévoir les modalités de constitution et de fonctionnement d'une commission consultative des marchés destinée à assister le grand port maritime pour l'élaboration ou la passation de ses marchés.
Le règlement est soumis, après son adoption par le conseil de surveillance, à l'approbation du commissaire du Gouvernement et de l'autorité chargée du contrôle économique et financier. L'approbation est réputée acquise, à défaut d'opposition de leur part, dans un délai de deux mois à compter de la saisine.

Les droits de port dont la perception est autorisée au profit du grand port maritime sont recouvrés par l'administration des douanes, conformément au 4 de l'article 285 du code des douanes. Les frais de perception et de procédure afférents à ces droits sont supportés par le grand port maritime dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.
Le produit des droits est versé au port par les soins du service des douanes. Les services des douanes fournissent les renseignements nécessaires au suivi des recettes au grand port maritime.