L'institution nationale des invalides est placée sous le commandement d'un officier général de la deuxième section du cadre de l'état-major général de l'armée, invalide de guerre, désigné par le ministre chargé des anciens combattants et victimes de guerre.
Un médecin retraité du service de santé militaire ou un médecin civil du cadre de réserve, ancien combattant, de préférence invalide de guerre, recruté sur titre et désigné par le ministre, dirige le service médical et seconde le général commandant.
Ce dernier peut déléguer ses pouvoirs au médecin chef de l'établissement après y avoir été autorisé par le ministre chargé des anciens combattants et victimes de guerre.