La mission régionale de santé établit chaque année, et modifie le cas échéant par décision modificative, un budget prévisionnel en équilibre des recettes et des dépenses du fonds. Le budget précise notamment la nature et le montant des différentes dépenses prévisionnelles relatives aux frais de gestion du conseil régional de la qualité et de la coordination des soins et du bureau du conseil qui sont pris en charge sur la dotation régionale du fonds.