Le comité national de gestion établit chaque année, et modifie le cas échéant par décision modificative, un budget prévisionnel en équilibre des recettes et des dépenses du fonds.

Ce budget comporte l'ensemble des crédits nationaux et régionaux. Il fait apparaître la part réservée, au niveau national et au niveau régional, aux expérimentations concourant à l'amélioration de la qualité et de la coordination des soins dispensés en ville mentionnées au deuxième alinéa du I de l'article L. 221-1-1.

Pour les crédits nationaux, le budget précise notamment la nature et le montant des différentes dépenses prévisionnelles relatives aux frais de gestion du fonds.