La commission de contrôle propose au directeur général de l'agence régionale de santé le programme de contrôle régional annuel qu'elle élabore sur la base d'un projet préparé par l'unité de coordination régionale du contrôle externe placée auprès d'elle. Cette unité coordonne la réalisation des contrôles décidés par le directeur général de l'agence régionale de santé et rédige le bilan annuel d'exécution du programme de contrôle.

L'unité de coordination régionale du contrôle externe est composée, pour les deux tiers, de personnels des caisses d'assurance maladie désignés par la commission de contrôle sur proposition des membres mentionnés au 2° de l'article R. 162-42-8 et, pour un tiers , de personnels de l'agence régionale de santé.L'unité est composée en majorité de médecins et comprend notamment le médecin-conseil régional du régime d'assurance maladie des travailleurs salariés, le médecin-conseil régional du régime d'assurance maladie et maternité des travailleurs non salariés des professions non agricoles et le médecin coordonnateur régional des régimes agricoles de protection sociale ou leurs représentants.

Il est créé une unité de coordination régionale du contrôle externe placée auprès de la commission exécutive de l'agence régionale de l'hospitalisation. L'unité de coordination régionale du contrôle externe prépare le programme de contrôle régional annuel, coordonne la réalisation des contrôles et rédige le bilan annuel d'exécution du programme.

L'unité de coordination régionale du contrôle externe est composée de personnels des caisses d'assurance maladie désignés par la commission exécutive, sur proposition de ses représentants des organismes d'assurance maladie et, dans la limite d'un tiers de ses membres, de personnels de l'agence régionale d'hospitalisation. L'unité est composée en majorité de médecins et comprend au moins le médecin conseil régional du régime d'assurance maladie des travailleurs salariés, le médecin conseil régional du régime d'assurance maladie et maternité des travailleurs non salariés des professions non agricoles et le médecin coordonnateur régional des régimes agricoles de protection sociale ou leurs représentants.