Le contrôle médical est exercé soit par un service propre à chaque caisse de base, soit par un service commun à plusieurs d'entre elles. Il peut également être exercé à la demande et pour le compte d'une ou plusieurs caisses de base soit par le service du contrôle médical d'une autre caisse de base auquel il est confié en tout ou partie conformément aux directives de la caisse nationale, soit par le service de contrôle médical d'un autre régime d'assurance maladie auquel il est confié en tout ou partie dans les conditions fixées par une convention que la caisse nationale conclut avec ce régime.

Les caisses de base peuvent, sous réserve de l'accord de la caisse nationale, déroger aux directives de cette caisse ou aux règles fixées par les conventions conclues par celle-ci.