Les membres de la commission scientifique indépendante sont nommés par arrêté du ministre chargé de la santé, pour une durée de trois ans renouvelable deux fois. La commission élit un président et un vice-président parmi ses membres.

Pour chacun des titulaires mentionnés aux 1°, 2° et 4° de l'article D. 4153-17, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions. Il siège aux séances de la commission en l'absence du titulaire.