Dans le cadre des missions qu'elle exerce en application du 3° de l'article R. 1413-1, l'Agence nationale de santé publique peut faire appel, le cas échéant de manière conjointe, aux centres d'appui pour la prévention des infections associées aux soins pour exercer des missions nationales de surveillance et d'expertise en matière de lutte et de prévention contre les infections associées aux soins et la résistance aux anti-infectieux ainsi qu'aux centres régionaux en antibiothérapie pour exercer des missions nationales d'expertise concernant la prévention et la surveillance en matière de résistance aux anti-infectieux, en particulier l'antibiorésistance.

L'Agence nationale de santé publique désigne le ou les centres chargés d'une mission nationale sur la base d'un appel à projets, après avis du directeur général de l'agence régionale de santé compétente.

Les modalités de définition et d'exercice de cette mission nationale font l'objet d'une convention conclue entre l'Agence nationale de santé publique et l'établissement de santé d'implantation du centre désigné. Cette convention précise notamment les conditions de validation et de diffusion des rapports d'analyses des données produites. L'Agence nationale de santé publique communique les conventions conclues au ministre chargé de la santé et aux directeurs généraux des agences régionales de santé compétentes.

Pour l'application des articles R. 1413-79 à R 1413-87 à la Guyane et à la Martinique, la référence au niveau régional est entendue comme la référence à chacune de ces collectivités.