Le directeur général des hospices civils de Lyon et le directeur général de l'Assistance publique de Marseille sont nommés par décret pris sur le rapport du ministre chargé de la santé, après avis du président du conseil d'administration. Ils exercent les pouvoirs définis à l'article L. 714-12.

Le directeur général est assisté par un secrétaire général, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.