L'agrément est accordé au centre de santé pour une durée indéterminée. Il peut être retiré par le préfet de région, à titre provisoire ou définitif, sur le rapport du médecin inspecteur de la santé publique et après avis de la caisse primaire d'assurance maladie dans le ressort de laquelle est situé le centre, dès lors que les conditions définies à l'article D. 765-1 ne sont plus remplies par le centre de santé ou en cas d'abus ou de fraude commise à l'égard des organismes de sécurité sociale ou des assurés sociaux.

Le préfet de région doit, préalablement à sa décision de retrait d'agrément, en informer le gestionnaire du centre de santé et l'inviter à faire valoir ses observations dans un délai de quinze jours.

La décision de retrait d'agrément fixe la date à laquelle elle prend effet. Elle est notifiée au centre de santé et à la caisse primaire d'assurance maladie intéressée.