Le conseil national désigne en son sein un comité permanent de quatorze membres comprenant sept représentants de chacune des deux catégories mentionnées à l'article R. 251-3, les représentants des ministres de l'équipement et de l'agriculture étant membres de droit du comité au titre de la première catégorie.

Le comité élit un président, un vice-président et un secrétaire général. Ces élections sont soumises à l'approbation du ministre.

Le comité se réunit toutes les fois qu'il est nécessaire et au moins quatre fois par an sur convocation de son président ou à la demande du ministre.

Les avis du comité sont émis à la majorité des membres présents ; en cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Le comité permanent est chargé de procéder à l'étude préalable de toutes les questions qui sont soumises à l'avis du conseil national. Il désigne à cet effet en son sein ou au sein du conseil national un rapporteur qui peut s'adjoindre des experts pris à l'extérieur du conseil.

Le comité peut recevoir délégation du conseil pour formuler un avis au ministre sur tout dossier.
Ce comité peut à son tour donner délégation pour formuler un avis au ministre sur certaines affaires courantes à un des membres, ou à une des sous-commissions du conseil constituée en application de l'article R. 251-10-1, qui lui en rendent compte régulièrement.

Avant l'engagement des procédures de classement, le comité est saisi de tout projet de création de réserve naturelle nationale et de tout projet de création de réserve naturelle en Corse lorsque la procédure de création est instruite par l'Etat au titre du pouvoir de substitution prévu par l'article L. 332-3.

Les fonctions de membre du comité permanent sont gratuites.