Les listes de cours d'eau prévues par les 1° et 2° du I de l'article L. 214-17 sont établies en tenant compte des orientations et des objectifs de bon état et de bon potentiel des eaux fixés par le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux et sont compatibles avec les dispositions de celui-ci. Elles sont, à cet effet et s'il y a lieu, modifiées lors de la mise à jour de ce schéma.

Les cours d'eau, parties de cours d'eau ou canaux qui jouent le rôle de réservoir biologique au sens du 1° du I de l'article L. 214-17 sont ceux qui comprennent une ou plusieurs zones de reproduction ou d'habitat des espèces de phytoplanctons, de macrophytes et de phytobenthos, de faune benthique invertébrée ou d'ichtyofaune, et permettent leur répartition dans un ou plusieurs cours d'eau du bassin versant.

Constitue un obstacle à la continuité écologique, au sens du 1° du I de l'article L. 214-17 et de l'article R. 214-1, l'ouvrage entrant dans l'un des cas suivants :

1° Il ne permet pas la libre circulation des espèces biologiques, notamment parce qu'il perturbe significativement leur accès aux zones indispensables à leur reproduction, leur croissance, leur alimentation ou leur abri ;

2° Il empêche le bon déroulement du transport naturel des sédiments ;

3° Il interrompt les connexions latérales avec les réservoirs biologiques ;

4° Il affecte substantiellement l'hydrologie des réservoirs biologiques.

Le préfet du département établit un avant-projet de liste à l'issue d'une concertation avec les principaux représentants des usagers de l'eau dans le département, la fédération départementale ou interdépartementale des associations de pêche et de protection du milieu aquatique, les associations agréées de protection de l'environnement qu'il choisit et la commission locale de l'eau lorsqu'il existe un schéma d'aménagement et de gestion des eaux approuvé.

La conférence administrative de bassin harmonise les avant-projets de liste des différents départements appartenant à un même bassin.

Le préfet coordonnateur de bassin établit un projet de liste par bassin ou sous-bassin et fait procéder à l'étude, prévue au II de l'article L. 214-17, de l'impact sur les différents usages de l'eau des inscriptions sur cette liste projetées ; cette étude comporte une analyse des coûts et des avantages économiques et environnementaux, en distinguant les avantages marchands et non marchands.

Le projet de liste et l'étude de l'impact sont transmis par les préfets intéressés pour avis aux conseils départementaux et aux établissements publics territoriaux de bassin concernés et, en Corse, à l'Assemblée de Corse. Les avis sont réputés favorables s'ils n'interviennent pas dans un délai de quatre mois à compter de la transmission de la demande d'avis.

Le préfet coordonnateur de bassin, après avis du comité de bassin, dresse la liste par bassin ou sous-bassin et fixe les modalités de sa mise à disposition du public par un arrêté qui est publié au Journal officiel de la République française.

La liste est modifiée selon les modalités prévues pour son établissement par les alinéas précédents.