L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est administré par un conseil d'administration composé de représentants de l'Etat et de ses établissements publics autres que les agences de l'eau et de représentants des comités de bassin, des agences de l'eau et des offices de l'eau des départements d'outre-mer, des collectivités territoriales ou de leurs établissements publics, des usagers de l'eau et des milieux aquatiques, des associations de consommateurs et de protection de l'environnement ainsi que du personnel de l'établissement.

Le président du conseil d'administration propose à son approbation les orientations de la politique de l'établissement. Il est nommé par arrêté du ministre chargé de l'environnement.