L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques est un établissement public de l'Etat à caractère administratif. Il a pour mission de mener et de soutenir au niveau national des actions destinées à favoriser une gestion globale, durable et équilibrée de la ressource en eau, des écosystèmes aquatiques, de la pêche et du patrimoine piscicole.
A ces fins, il participe à la connaissance, la protection et la surveillance de l'eau et des milieux aquatiques ainsi que de leur faune et de leur flore, et contribue à la prévention des inondations.
Il apporte son appui aux services de l'Etat, aux agences de l'eau et aux offices de l'eau dans la mise en oeuvre de leurs politiques.
Il assure la mise en place et la coordination technique d'un système d'information visant au recueil, à la conservation et à la diffusion des données sur l'eau, les milieux aquatiques, leurs usages et les services publics de distribution d'eau et d'assainissement. Les collectivités territoriales ou leurs groupements sont associés à leur demande à la constitution de ce système d'information.
L'office garantit une solidarité financière entre les bassins, notamment vis-à-vis de ceux des départements et collectivités d'outre-mer ainsi que de la Nouvelle-Calédonie. Il conduit ou soutient des programmes de recherche et d'études qui sont communs à tous les bassins ou revêtent un intérêt général, en particulier sous la forme de concours financiers à des personnes publiques ou privées.
Il mène et soutient des actions nationales de communication et de formation.