Chaque étudiant de troisième cycle des études de médecine conclut un contrat de formation à l'issue de la validation de la phase 1, dite phase socle définie à l'article R. 632-20.

Ce contrat définit les objectifs pédagogiques et le parcours de formation suivi au sein de la spécialité. Il peut faire l'objet d'évolutions, notamment pour y inclure une option ou une formation spécialisée transversale que l'étudiant est autorisé à suivre et le cas échéant, le parcours recherche dans lequel il est engagé.

Il est établi entre l'étudiant de troisième cycle des études de médecine, le directeur de l'unité de formation et de recherche de médecine et la commission locale de coordination de la spécialité définie à l'article R. 632-14.

Un arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé et du ministre de la défense fixe les modalités d'élaboration et de suivi du contrat de formation et en définit un modèle type.

La commission interrégionale de coordination du diplôme élabore des propositions relatives à l'organisation des enseignements et du contrôle des connaissances de chaque diplôme d'études spécialisées de médecine et de chaque diplôme d'études spécialisées complémentaires de médecine. Ces propositions sont transmises pour avis au collège des directeurs et soumises au conseil des unités de formation et de recherche (UFR) concernées. Chaque conseil d'UFR de médecine délibère dans les conditions prévues à l'article L. 713-4.

Le coordonnateur interrégional élabore des propositions en vue de définir les critères, notamment en matière d'encadrement et d'activité, et le cahier des charges pour l'agrément des lieux de stage et le conventionnement des personnes mentionnées à l'article R. 632-18. Après avoir recueilli l'avis de la commission interrégionale de coordination du diplôme, le coordonnateur interrégional transmet ces propositions au collège des directeurs qui les arrêtent.