Les emplois nécessaires au fonctionnement de l'Ecole supérieure des personnels d'encadrement du ministère de l'éducation nationale sont inscrits au budget de l'administration centrale du ministère de l'éducation nationale.

Des chargés de mission représentant l'école dans les académies sont placés sous l'autorité des recteurs. Ils sont désignés conjointement par ceux-ci et par le directeur des personnels d'inspection et de direction, sur proposition du directeur de l'école et contribuent, à ce titre, aux activités de formation destinées aux personnels d'encadrement.