Avant l'ouverture du vote électronique, chaque membre du bureau de centralisation du vote électronique saisit sa phrase secrète, lors de la cérémonie de génération des clés et de scellement du système, en séance publique. Cette phrase est utilisée comme une clé de déchiffrement le jour du dépouillement.
Chaque phrase secrète est composée au minimum de 20 caractères. Seuls les chiffres et les lettres minuscules sans accent sont autorisés.

La connexion sécurisée au système de vote peut s'effectuer à partir de tout terminal informatique connecté à internet, et respectant la procédure mentionnée dans la notice de vote. Les opérations de vote électronique par internet peuvent être réalisées sur le lieu d'exercice des fonctions pendant les horaires de service, ou à distance.
Pour voter par internet, l'électeur, après s'être connecté au système de vote et identifié à l'aide des moyens d'authentification, exprime son vote pour chaque scrutin qui lui est attribué. Chaque vote doit être validé par l'électeur après saisie d'un code constitué d'informations personnelles, destiné à vérifier l'identité du votant. La validation du vote pour chaque scrutin par l'électeur le rend définitif et empêche toute modification. Le bulletin de vote est chiffré sur le terminal de l'électeur et stocké dans l'urne en vue du dépouillement sans avoir été déchiffré à aucun moment, même de manière transitoire.
En application de l'article R. 211-568 du code, la transmission du vote et l'émargement de l'électeur donnent lieu pour chaque scrutin à la communication, à destination de l'électeur, d'un accusé de réception lui confirmant son vote et qui peut être conservé.

Un espace électoral, qui accueille le ou les postes dédiés à l'exercice du suffrage et garantissant l'anonymat, la confidentialité et le secret du vote, est créé par décision du chef du service d'affectation de l'électeur concerné, conformément à l'article R. 211-556 du code.
Cet espace électoral est ouvert pendant toute la durée du scrutin.
Les horaires d'ouverture de l'espace électoral sont déterminés, après information des membres du comité social d'administration concerné, en fonction du nombre d'agents exerçant sur le site concerné, des modalités d'organisation du travail notamment des horaires atypiques auxquels sont astreints les électeurs, du taux d'équipement en moyens informatiques professionnels individuels.

Après l'heure de clôture du scrutin, aucune procédure de vote ne peut être lancée. Toutefois, l'électeur connecté sur le système de vote avant l'heure de clôture peut valablement mener jusqu'à son terme la procédure de vote dans la limite de trente minutes après la clôture du scrutin fixée à l'article 2.