La sous-direction hôpitaux est chargée d'élaborer la politique hospitalière du service et de mettre en oeuvre les conditions de son exécution. Elle administre les moyens dont disposent les hôpitaux, assure le suivi de leur activité et organise leur participation au service public hospitalier.
La sous-direction "hôpitaux" comprend :

• le bureau "politique hospitalière" ;
• le bureau "gestion hospitalière" ;
• le bureau "contrôle de gestion hospitalier".